A APGB dispõe de espaço suficiente para assegurar a guarda e conservação de mercadorias dentro do espaço portuário, que normalmente é da responsabilidade das Alfandegas de Bissau. O espaço conta com duas modalidades de armazenagem: Descoberta e a coberta.

O armazenamento de contentores é feito em zonas de “terra - planos” sendo que o empilhamento é realizado em espaços distintos, tratando-se de contentores com mercadorias uma zona específica e os contentores vazios num espaço reservado exclusivamente para o efeito.